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很久很久以前，眾神創建了這個世界，從那時起，人們就不斷受到「禍津日」的威脅──那是從人類的負面情感中誕生的妖孽。
後來，有個名叫安倍晴明的人出現了，他率領式神迎戰，頃刻之間便擊退了禍津日。
由於晴明大顯身手，在京城肆虐的禍津日被驅逐一空，原本躲躲藏藏的人們得以逐漸恢復安寧的生活。
然而，後來又有一個人稱「禍津日王」、力量非比尋常的禍津日現身，一次又一次襲擊京城的人們。
牠的力量實在太強大，晴明為了保護人們，以自己的性命作為代價、將禍津日王封印起來，他就此撒手人寰。
在那之後，又過了千年的時光，安倍晴明的弟子們被稱為陰陽師，他們率領式神，日日夜夜與禍津日對抗。
他們隸屬於一個叫做陰陽寮的組織，接受委託、行遍各地、為保護人們而戰。
雖然世界上仍有禍津日存在，但是多虧了這些陰陽師，如今人們得以平安度日，不再像過去那般懼怕禍津日。
有一天，有一位新手陰陽師──也就是主角──來到陰陽寮上任，故事就此展開。
